一般情况下，痔疮手术相较于肛瘘手术更痛苦，但如果肛瘘患者选择肛瘘挂线术治疗，则可能较一般痔疮手术痛苦。肛瘘手术和痔疮手术痛苦程度不同，不同患者的主观感受不同，具体哪一种疾病的手术治疗更痛苦因人而异。
肛瘘与痔疮是临床上较常见的肛肠疾病，肛瘘只能通过手术治疗，而痔疮可以保守治疗，但以手术治疗为主。两种疾病手术后都会有不适感，不过从手术位置区域看，痔疮手术不适感更重。因痔疮的发生位置在肛管对疼痛较敏感的部位附近，所以痔疮术后会感到疼痛，多数需要服用止疼药物缓解。
肛瘘手术的位置处于肛门软组织附近，对痛觉敏感度相对较低，术后疼痛感较痔疮术后轻。但若是肛瘘患者采用肛瘘挂线术治疗，可能导致不适感加重。因肛瘘挂线术相对痔疮手术创伤较大，痛苦程度较重。所以肛瘘手术和痔疮手术没有具体的哪个更痛苦，要结合患者自身病情分析。
若患有肛瘘或痔疮等病症，应及时到院就诊，进行体格检查、肛门镜等检查明确病因，积极配合治疗。