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古代为奇布查族等美洲原住民的居住地。西班牙探险者大约在1500年左右到达这个地区，通过战争、劳役、战利品和疾病征服当地的奇布查人。他们很快建立定居点，并于1717年发展成为包括了西班牙在南美洲西北部的所有地区的殖民地“新格拉纳达”。哥伦比亚的独立运动于1810年爆发，7月20日宣布脱离西班牙独立，最终在1819年取得胜利，1821年与现厄瓜多尔、委内瑞拉、巴拿马组成大哥伦比亚共和国。此时新格兰纳达改名为“大哥伦比亚共和国”（Gran Colombia），西蒙·玻利瓦尔出任总统，直至1830年。
波哥大
国内政治和领土的分裂最终导致1830年委内瑞拉和厄瓜多尔脱离大哥伦比亚共和国独立，大哥伦比亚共和国也因而解体，玻利瓦尔在失望中死去。大哥伦比亚共和国的其余领土改名为“新格拉纳达”（Nueva Granada）。1856年改名“格兰纳达联邦”（Confederación Granadina）。1863年又改称“哥伦比亚合众国”（Estados Unidos de Colombia）。最后在1886年，名称变更为“哥伦比亚共和国”，但是境内不同政治势力割据一方所造就的分裂局面仍然延续下去，并三不五时引发内战，1903年巴拿马亦在美国的支持下自哥伦比亚独立。[8]迄今，哥伦比亚仍然受到游击队起义军（例如哥伦比亚革命武装力量（FARC）），以及毒品贸易盛行的困扰，使国内政治、经济改革变得十分困难，也严重威胁公众的生命安全，影响哥伦比亚的国际关系。
独立以后至2002年，自由党和保守党轮流执政。哥伦比亚总统乌里韦2002年上台后，采取更强硬的右翼路线，FARC遭该国政府大力围剿。事源哥伦比亚革命武装力量于1983年曾杀死乌里韦的父亲，乌里韦上台后，以打击哥伦比亚革命武装力量为首务。由于乌里韦拉近了哥伦比亚与美国的距离，美国大力资助哥伦比亚。因政府打击力度增强，哥伦比亚革命武装力量逐渐遭到削弱。
2006年5月28日，哥伦比亚全国计票委员会公布总统选举的选票统计结果，阿尔瓦罗·乌里韦获得63%以上的选票，成功连任。[9]
2010年，乌里韦本希望再度通过修改宪法寻求连任，但遭最高法院驳回，他并没有像查维兹以公投推动修宪，而决定接受这样的结果，并推荐执政党总统候选人、前任国防部长胡安·曼努埃尔·桑托斯代表执政党参选。同年，桑托斯作为执政中间偏右民族团结社会党的候选人参与哥伦比亚总统选举，在6月20日举行的总统选举第二轮投票中，桑托斯以高票战胜在野中间派抉择绿党候选人安塔纳斯·莫茨库斯，当选为新一任哥伦比亚总统。[10]
2012年，在以古巴和挪威作为担保国、以委内瑞拉和智利作为观察国的斡旋框架下，哥伦比亚政府与哥伦比亚革命军双方开始在古巴首都哈瓦那进行和谈。2016年6月23日，哥伦比亚总统胡安·曼努埃尔·桑托斯与哥伦比亚革命武装力量在哈瓦那签订停火协议。8月24日，哥伦比亚政府与哥伦比亚革命军在古巴首都哈瓦那达成最终全面和平协议，协议包括停战、农村改革、打击贩毒、被遣散的游击队员可参与政治、建立过渡性司法机构等内容，但和平协议内容的合法性最终由全民公投决定。然而，哥伦比亚前总统乌里韦认为，最初的和平协议向反政府武装妥协过多、对受害者不公，呼吁民众投反对票，并要求进一步修改协议内容。与先前民调结果大相径庭，10月2日举行的公投结果为支持率49.77%，反对率50.22%，协议意外遭到否决。11月24日哥伦比亚总统胡安·曼努埃尔·桑托斯与哥伦比亚革命军领导人罗德里格·隆多尼奥在波哥大的科隆剧院签署了一份经过修改的新版和平协议。这次，新的协议得到国会的核准，不需再进行全民表决。
2017年6月27日，哥伦比亚革命军不再是武装团体，同年9月1日，正式改组为“共同替代革命力量”，并于次日向官方注册为合法政党。惟第二大游击组织“民族解放阵线”(ELN)未放弃攻击哥国官方机构、绑架人质等抗争行动，甚以汽车炸弹进行恐怖攻击。
2018年8月政府为消弭境内仍炽的贩毒及走私问题，对游击队改采严厉打击态度，零星冲突再起。且近年委内瑞拉难民潮造成拉美各国人道危机议题，最大收容国哥国境内现有约180万委国难民，造成社会负担与治安问题。另哥国贫富悬殊特性，亦时引发工会联合学运发起罢工抗议活动。
2021年4月28日因反对政府税赋改革法案由工会及学生团体等发起之全国大罢工及暴力抗争延烧至6月中旬暂歇，除警民伤亡及公共设施严重破坏外，亦造成近16兆哥币的社会财损，整体经济农工商活动需要4个月的时间修复，哥国社会持续面对长期结构性失业及贫穷的严峻课题。